1%过氧化氢溶液也越来越多地运用于肛瘘内口的识别，用注射器自肛瘘外口逐渐加压注入，用肛门镜观察肛门齿线部位有白色气泡溢出，即是内口位置。用过氧化氢寻找内口方法及器械要求简单，容易操作，往往注入后马上可以确定肛瘘内口的准确位置，缩短了手术中寻找肛瘘内口的时间。但是，用过氧化氢法寻找肛瘘内口应注意，过氧化氢是强氧化剂，可以损伤直肠黏膜引起直肠炎，所以由肛瘘外口注入时，应防止将液体进入直肠造成直肠损伤。常用的措施有：①用生理盐水稀释降低过氧化氢的浓度；②齿线上方直肠内放置棉球防止液体流入；③向瘘管内注入液体时不要压力过大、过快，要逐渐加压，观察有泡沫溢出后则停止；④肛瘘切开后用生理盐水清洗伤口。

在临床运用中，可以使用1%亚甲蓝与3%过氧化氢混合液注入瘘管的方法，利用过氧化氢释放产生泡沫，进而产生一定压力，使亚甲蓝在肛瘘窦道内扩散，充分浸染病变组织，从而更有利于明确诊断，采用合理的手术方式。