根据我国《合同法》第101条,因债权人下落不明、难以履行债务的,债务人可以将标的物提存。第103条规定,标的物提存后,毁损、灭失的风险由债权人承担。提存期间,标的物的孳息归债权人所有。提存费用由债权人负担。在上述情形中,由于甲发生意外下落不明,乙公司无法联系到他,同时合同约定的履行期限已到,因此债务人乙公司可以将合同标的物即面粉提存。由于面粉受潮变质发生在提存之后,此时提存物毁损灭失的风险已经转移给债权人,所以这一后果应当由甲承担,而与乙公司无关。